Бернский зенненхунд ведёт своё происхождение от тибетского дога и римского молосса; вместе с легионами Рима предки этих собак попали на территорию Швейцарии.
 
На протяжении веков бернский зенненхунд использовался в качестве пастушеской и
сторожевой собаки швейцарскими крестьянами и фермерами.  Разумеется, швейцарские фермеры не могли заниматься целенаправленной селекцией, направленной на формирование устойчивых признаков породы. Такая селекция началась  только в  конце 19 века. Предшественниками современных зенненхундов были
фермерские собаки их Дюрбаха - небольшой деревни к югу от Берна. Именно там были
широко распространены трёхцветные овчарки, благодаря которым и возник стандарт
породы.
 
Бернские овчарки, первоначально называвшиеся "дюрбахлеры",  были впервые продемонстрированы  на выставке собак, состоявшейся в 1902 году в Берне. Уже в 1907 году был основан Швейцарский Дюрбахлер-клуб, объединявший заводчиков этой породы
собак. Одно из первых описаний породы составил доктор Альберт Хайм, видный швейцарский кинолог. Первыми заводчиками бернских зенненхундов были Франц Шертенлейб-Глаузер и Макс Шафрот. Они специально покупали собак в крестьянских хозяйствах, занимались целенаправленной селекцией и фактически создали своими усилиями существующие и по сей день стандарты породы. Эти стандарты были окончательно сформулированы в 1973 году, в 1988 году Швейцарский клуб бернских зенненхундов принял окончательную редакцию этих нормативов.